در سال 1358 با عنوان آموزشکده کشاورزی مجتمع آموزش عالی بیرجند در گروه کشاورزی دوره کاردانی تکنسین عملی کشاورزی  فعالیت خود را در مرکز آموزش کشاورزی بیرجندبا پذیرش 33 دانشجو آغاز نمود.

در سال 1360 به آموزشکده کشاورزی ارتقاء یافت. رشته تکنسین عملی کشاورزی حذف گردید و رشته کاردانی امور زراعی با نظام آموزشی ثلثی جایگزین آن شد و در سال 1365 نظام آموزشی ترمی به اجرا در آمد.

در سال 1367 رشته کاردانی امور فنی کشاورزی و در سال 1369 رشته کاردانی منابع طبیعی به رشته های آموزشکده اضافه شد. در سال 1371 با تغییرات پیشنهادی شورای عالی برنامه ریزی مبنی بر تغییر عناوین رشته ها، رشته کاردانی امور زراعی به تکنولوژی تولیدات گیاهی و کاردانی امور فنی کشاورزی به تکنولوژی آبیاری تغییر نام یافت.

بالأخره در سال 1373 با پذیرش دانشجو در رشته زراعت و اصلاح نباتات در مقطع کارشناسی، آموزشکده کشاورزی بیرجند به سطح دانشکده ارتقاء یافت و گروه آموزشی زراعت و اصلاح نباتات ایجاد گردید و به تدریج گروهها آموزشی دانشکده به 6 گروه افزایش یافت.

تفکیک دانشکده: به دلیل گستردگی گروههای آموزشی و تنوع رشته‌های تحصیلی، این دانشکده در سال 1392 به دو دانشکده مستقل تفکیک گردید.

1- دانشکده‌ی کشاورزی 2- دانشکده‌ی منابع طبیعی و محیط زیست که اکنون هر دو دانشکده‌ در پردیس کشاورزی، منابع طبیعی و محبط زیست دانشگاه بیرجند واقع در کیلومتر ۵ جاده بیرجند-کرمان مستقر می‌باشند.