مرکز مشاوره، بهداشت و درمان دانشگاه بیرجند از نظر سازمانی زیر نظر معاونت دانشجویی دانشگاه بیرجند فعالیت می‌کند. سابقه‌ی فعالیت‌ خدمات روان‌شناختی و مشاوره در دانشگاه بیرجند به سال ۱۳۷۰ و تشکیل دفتر مشاوره‌ی دانشجویی بر می‌گردد. این دفتر در محل معاونت دانشجویی دانشگاه با جذب یک نیروی مددکار اجتماعی (سرکار خانم مبرقعی) آغاز به فعالیت کرد. بعد از گذشت هفت سال (۱۳۷۷) مرکز مشاوره، بهداشت و درمان دانشگاه با مسئولیت دکتر خامسان تأسیس و فعالیت خود را با جذب سه کارشناس (یک روان‌شناس، یک مددکار و یک مسئول پذیرش) گسترش داد. این مرکز خدمات روان‌شناختی و خدمات بهداشت و سلامت را در دانشگاه بیرجند ارائه نمود. از سال ۱۳۹۱ با حمایت مدیریت دانشگاه،‌ فعالیت‌های مرکز در دو بخش مشاوره و درمان، و بهداشت و درمان گسترش چشم‌گیری یافت. طی این مدت شعب و دفاتر مشاوره در همه‌ی پردیس‌ها، دانشکده‌ها و خوابگاه ها فعال و واحدهای مختلف برای پوشش اهداف مرتبط با خدمات مشاوره و روان‌شناختی تأسیس شده است. در بخش سلامت و بهداشت نیز با اخذ مجوز درمانگاه فرهیختگان، فعالیت های مرتبط با بهداشت و سلامت جسم گسترش قابل ملاحظه داشته است. در حال حاضر ساختمان مرکز مشاوره دانشگاه در زمینی به مساحت ۷۰۰ متر و ساختمان درمانگاه فرهیختگان در زمینی به مساحت ۶۰۰ متر در حال احداث است. ریاست فعلی مرکز مشاوره، بهداشت و درمان بر عهده دکتر میترا راستگو مقدم می باشد.
 
اهداف:
در سال ۱۳۷۷ دفتر مشاوره‌ی دانشجویی دانشگاه بیرجند از نظر سازمانی به مرکز مشاوره، بهداشت و درمان با دو بخش مرکز مشاوره و مرکز بهداشت (درمانگاه) تغییر یافت. اهداف مرکز به شرح زیر می‌باشد:
• مرکز مشاوره و درمان: رشد و افزایش سطح توانمندی ها، استعداد های دانشجویان به منظور فراهم نمودن بستر مناسب برای تحصیل و آینده‌ی بهتر از طریق ارائه‌ی خدمات مشاوره و روان‌شناسی.
• مرکز بهداشت و درمان: ارتقاء سطح بهداشت و سلامت جسم دانشگاهیان از طریق ارائه‌ی خدمات پزشکی و بهداشتی.